O ministro Dias Toffoli vê no presidente Lula o principal responsável pelo movimento da Polícia Federal (PF) de entregar ao presidente da corte, Edson Fachin, um relatório expondo as conexões de Toffoli com Daniel Vorcaro, dono do Banco Master. Segundo informações da jornalista Malu Gaspar, do jornal O Globo, Toffoli revelou a interlocutores próximos estar convicto de que o diretor-geral da PF, Andrei Rodrigues, agiu em nome de Lula ao enviar diretamente para o Supremo o dossiê, com diversos registros de ligações, mensagens e transações que envolvem direta ou indiretamente o ministro.

De acordo com a colunista, Toffoli avalia que Rodrigues nunca enviaria o relatório sem autorização de Lula. Além disso, horas antes de Toffoli deixar a relatoria do processo por pressão dos outros ministros do STF, Lula se reuniu com o procurador-geral da República, Paulo Gonet, de quem cobrou apuração rigorosa das fraudes do banco de Vorcaro. Como PGR, Gonet detém a prerrogativa de apresentar pedido de suspeição contra o ministro.

Para o ministro do STF, Lula, que indicou Toffoli para o Supremo em 2009, teria uma mágoa antiga relacionada a um episódio ocorrido em 2019. A pessoas próximas, segundo Malu Gaspar, Toffoli teria dito que o petista busca vingança. Em 2019, enquanto cumpria pena por corrupção e lavagem de dinheiro na Superintendência da PF em Curitiba (PR), um de seus irmãos, Genivaldo Inácio da Silva, o Vavá, faleceu. Seus advogados acionaram a Justiça pedindo autorização para que ele comparecesse ao enterro, mas o pedido foi rejeitado na primeira e na segunda instâncias.

A defesa de Lula recorreu ao Supremo, e a decisão ficou a cargo de Toffoli, que à época presidia a corte e estava de plantão no recesso do Judiciário. No entanto, o ministro só concedeu a autorização minutos antes do horário do enterro de Vavá, em São Bernardo do Campo (SP), a mais de 400 quilômetros de onde o petista estava preso, e ainda estabeleceu que Lula só poderia encontrar a família em um quartel militar, para onde o corpo do irmão poderia ser levado. Diante das condições impostas por Toffoli, Lula desistiu de viajar. Toffoli e Lula voltaram a se aproximar no fim de 2024, após seis anos de distanciamento, mas a mágoa do presidente teria permanecido.